Ông Dương Tự Trọng - nguyên Phó Cục trưởng Cục Cảnh sát QLHC về TTXH, nguyên Phó GĐ Công an TP.Hải Phòng  - bị cáo buộc cùng với thuộc hạ của mình, tổ chức cho Dương Chí Dũng trốn đi nước ngoài, sau khi Dương Chí Dũng có lệnh khởi tố, bắt tạm giam. 
Theo cáo trạng, chiều 17.5.2012, Dương Chí Dũng nhận được điện thoại thông báo sẽ bị khởi tố, bắt tạm giam nên đã thông báo ngay với em trai là Dương Tự Trọng đang là Phó GĐ CA TP.Hải Phòng. Nhận được điện thoại của anh trai, ông Dương Tự Trọng đã hướng dẫn Dương Chí Dũng trốn tại nhà bạn gái đã có con riêng với Dương Tự Trọng tại P.Quan Hoa, Q.Cầu Giấy (Hà Nội). 

Đồng thời Dương Tự Trọng cũng gọi ngay cho cô gái này ra  ngõ đón anh trai. Tiếp đến, Dương Tự Trọng bàn bạc, giao cho Vũ Tiến Sơn - nguyên Phó Trưởng phòng CSĐT tội phạm về trật tự xã hội Công an TP.Hải Phòng - tổ chức, chỉ đạo, phân công các đối tượng khác sử dụng xe ôtô Porsche chạy từ Hải Phòng lên đón Dương Chí Dũng từ Hà Nội về trốn tại nhà bố đẻ bạn gái của mình tại huyện Hải Hà (Quảng Ninh). 

Từ đây, các đối tượng đã đưa Dương Chí Dũng vào TPHCM rồi qua cửa khẩu Mộc Bài (Tây Ninh) bằng đường tiểu ngạch sang Campuchia để Dương Chí Dũng mua vé máy bay, bay từ sân bay Phnom Penh quá cảnh qua Singapore, Australia để đến Mỹ. Khi đến Mỹ, Dương Chí Dũng bị nhà đương cục Hoa Kỳ từ chối nhập cảnh do Việt Nam đã hủy hộ chiếu của Dương Chí Dũng vì vậy Dương Chí Dũng đã bị trả lại về đúng sân bay Phnom Penh vào ngày 27.5.

Đặt chân tới Phnom Penh, Dương Chí Dũng đã thông báo ngay cho Dương Tự Trọng biết. Dương Tự Trọng lại sai người sắp xếp cho Dũng trốn tại Campuchia. Sau đó, Trọng đã đưa cho Vũ Tiến Sơn 30.000USD chuyển cho Dũng để Dũng có tiền chi phí trong thời gian trốn tại đây… Đến ngày 4.9.2012, Dương Chí Dũng bị cơ quan công an Campuchia và Việt Nam bắt giữ. 

Theo nhận xét của Viện KSND Tối cao thì đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, phạm tội có tổ chức do Dương Tự Trọng chủ mưu, cầm đầu. Hành vi của Dương Tự Trọng và các bị cáo khác đã cản trở, gây khó khăn rất lớn đến quá trình điều tra vụ án “cố ý làm trái…” và “tham ô tài sản” xảy ra tại Vinalines mà Dương Chí Dũng là bị can chính. 

“Hành vi của các bị cáo đã tạo ra dư luận xã hội không tốt, gây mất lòng tin của nhân dân và ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín của các cơ quan bảo vệ pháp luật... quá trình điều tra, Dương Tự Trọng không thành khẩn khai báo, không thừa nhận hành vi phạm tội” – cáo trạng kết luận. Vì vậy Viện KSND Tối cao đã  truy tố Dương Tự Trọng theo khoản 3 Điều 275 BLHS về tội “Tổ chức người khác trốn đi nước ngoài trái phép”. Tại khoản này có khung hình phạt cao nhất là 20 năm tù giam.